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1/ Peut-on savoir quand la souche virale P.1 de Manaus va devenir hégémonique en France, déjouant la première campagne de vaccination, et touchant frontalement les adultes de 20 à 40 ans?
Pas exactement. Et du reste, cela dépend de la politique de sécurisation sanitaire suivie.
Pas exactement. Et du reste, cela dépend de la politique de sécurisation sanitaire suivie.
2/ C& #39;est délibérément que reprend la même forme de tweet que celui amorçant le thread du 7 janvier, sur la croissance exponentielle de la souche B1.1.7, à venir alors, et dont chacun peut constater aujourd& #39;hui les conséquences. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1347215026596302850">https://twitter.com/Pr_Logos/...
3/ Avant d& #39;accumuler les documents, et de tenter une prédiction quand ce sera possible, je recolle ici le thread sur Manaus du 16 janvier. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1350413494630428673">https://twitter.com/Pr_Logos/...
4/ Du fait du décalage temporel entre contaminations et décès, on commence seulement à avoir les premières données, mais la tendance est nette: les adultes de 20 à 50 ans contractent des formes graves de maladie.
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.24.21254046v1.full">https://www.medrxiv.org/content/1...
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.24.21254046v1.full">https://www.medrxiv.org/content/1...
5/ La souche B1.1.7 dite "anglaise" est 1,4 fois (+40%) plus transmissible que la souche sauvage. La souche P.1 dite "amazonienne" ou "de Manaus" est 2,6 fois (+160%) plus transmissible que la souche sauvage.
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v3">https://www.medrxiv.org/content/1...
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v3">https://www.medrxiv.org/content/1...
6/ Il est plus que temps de sonner l& #39;alerte et de contraindre l& #39;exécutif à abandonner sa pseudo-stratégie mortifère. https://thetyee.ca/Analysis/2021/04/05/P1-Variant-Poses-Threat-BC/">https://thetyee.ca/Analysis/...
7/ Le variant P.1 est arrivé en Colombie britannique. https://www.wsj.com/articles/covid-19-variant-from-brazil-has-taken-hold-in-canada-11617729538">https://www.wsj.com/articles/...
8/ Courrier international traduit la vidéo du Wall Street Journal sur les réanimations de Porto Alegre, submergées, avec des cas de plus en plus jeunes. https://www.courrierinternational.com/video/video-les-ravages-du-variant-p1-au-bresil-des-jeunes-en-meurent">https://www.courrierinternational.com/video/vid...
9/ Il y a un mois maintenant que l& #39;OCDE a placé le Brésil sous surveillance. https://www.bbc.com/portuguese/brasil-56406033">https://www.bbc.com/portugues...
10/ Pourtant, tout se passe comme si l& #39;exécutif n& #39;apprenait rien et répétait une fois de plus les mêmes erreurs. https://www.liberation.fr/checknews/les-vols-en-provenance-du-bresil-ou-le-variant-p1-circule-largement-font-ils-lobjet-de-restrictions-particulieres-20210409_344SWR2YZNEX5A4CCUYQ3T4ONU/">https://www.liberation.fr/checknews...
11/ Bien sûr, dans une syndémie, l& #39;obscurantisme d& #39;un dirigeant politique compte — la seule chose que Bolsonaro est capable de faire, c& #39;est de demander à sa population "d& #39;arrêter de pleurnicher". On en sait quelque-chose en France… https://www.bbc.com/news/world-latin-america-56288548">https://www.bbc.com/news/worl...
12/ Et, si nous sommes nombreux à pleurer les morts et les vies détruites au Brésil, ce ne doit pas être avec condescendance: nous ne sommes pas protégés, loin s& #39;en faut.
13/ Une donnée centrale du calcul de croissance du variant P.1, c& #39;est sa neutralisation par les vaccins. Les estimations préliminaires sont de 75%.
https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(21)00298-1.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421002981%3Fshowall%3Dtrue">https://www.cell.com/cell/pdf/...
https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(21)00298-1.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421002981%3Fshowall%3Dtrue">https://www.cell.com/cell/pdf/...
14/ Par complétude, une étude pour le vaccin chinois CoronaVac. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.07.21255081v1">https://www.medrxiv.org/content/1...
15/ Aux Pays-Bas, la fraction de contamination par la souche P.1 dite "de Manaus" est autour de 7% et croit de 60% chaque semaine. Ci-dessous l& #39;extrapolation de @HJWesteneng, à politique publique constante, donne un passage par 50%-50% fin mmai (via @fignon_laurent).
16/ En Colombie Britannique, les conditions de croissance épidémique des souches virales sont plus proches des notres que Manaus.
R=1.3 pour B.1.1.7 (variant anglais)
R=1.9 pour P.1 (variant de Manaus)
Donc, pas 2 fois plus transmissible que la souche sauvage, pas 2,6.
R=1.3 pour B.1.1.7 (variant anglais)
R=1.9 pour P.1 (variant de Manaus)
Donc, pas 2 fois plus transmissible que la souche sauvage, pas 2,6.
17/ Un des problèmes pour sortir une estimation provient de la dénomination non scientifique "variant brésilien" quand il y en a des dizaines, avec plus de dix points de mutation activés ou non, par rapport à la souche sauvage.
Pourquoi? https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html">https://www.vidal.fr/actualite...
Pourquoi? https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html">https://www.vidal.fr/actualite...
18/ Parce que dire "le variant brésilien" = 20J/501Y.V3, sous-entendu, celui qui reste stable à 4% en France depuis plusieurs mois, c& #39;est ignorer que les variants de Manaus rassemblés au sein de P.1 sont plus transmissibles que B1.1.7 et ont un échappement vaccinal élevé.
19/ Cette fois, c& #39;est allé vite pour que l& #39;exécutif réagisse à l& #39;alerte. Espérons qu& #39;ils aient mis en place une quatorzaine avec 3 ou 4 tests en hôtel avec purification d& #39;air à filtre Hépa, pour les voyageurs entrés en Europe par d& #39;autres pays européens. https://twitter.com/JeanCASTEX/status/1381977947066789891">https://twitter.com/JeanCASTE...
20/ Témoignage d& #39;un médecin qui a dû intuber et mettre sous hémodialyse un patient de 33 ans, en parfaite santé auparavant. Il est aujourd& #39;hui en état critique. https://twitter.com/Oparbento1/status/1381975467947921411">https://twitter.com/Oparbento...
21/ En Moselle, V2+V3 était à 45% le 16 mars. Je ne trouve pas plus précis.
En Guyane, le variant "anglais" B.1.1.7 monte autour de R=1.4 et le variant "de Manaus" P.1 monte autour de R=2.2. Les nombres sont petits, donc les barres d& #39;erreur sont grandes, mais ça colle assez bien.
En Guyane, le variant "anglais" B.1.1.7 monte autour de R=1.4 et le variant "de Manaus" P.1 monte autour de R=2.2. Les nombres sont petits, donc les barres d& #39;erreur sont grandes, mais ça colle assez bien.
22/ En résumé, on peut donc estimer à ce jour
• que le P.1 hégémonique à Manaus est entre 1.9 et 2.5 fois plus infectieux que la souche sauvage, contre 1.4 pour B1.1.7
• qu& #39;il a 25% d& #39;échappement vaccinal. https://www.livemint.com/news/world/brazilian-variant-of-covid-19-might-be-2-2-times-more-transmissible-study-11614756482152.html">https://www.livemint.com/news/worl...
• que le P.1 hégémonique à Manaus est entre 1.9 et 2.5 fois plus infectieux que la souche sauvage, contre 1.4 pour B1.1.7
• qu& #39;il a 25% d& #39;échappement vaccinal. https://www.livemint.com/news/world/brazilian-variant-of-covid-19-might-be-2-2-times-more-transmissible-study-11614756482152.html">https://www.livemint.com/news/worl...
23/ Bon. C& #39;est parti.
C& #39;est beaucoup beaucoup plus incertain que de prédire la croissance de B1.1.7 en janvier et février, parce qu& #39;on avait les données anglaises, remarquables, pas d& #39;effet vaccinal, et une météo hivernale.
Le résultat dépend des hypothèses faites…
C& #39;est beaucoup beaucoup plus incertain que de prédire la croissance de B1.1.7 en janvier et février, parce qu& #39;on avait les données anglaises, remarquables, pas d& #39;effet vaccinal, et une météo hivernale.
Le résultat dépend des hypothèses faites…
24/ Depuis janvier, 1000 passagers par semaine sont arrivés du Brésil, qui a en gros 1% de contaminés. 1 sur 4 échappe au PCR en étant dans les 2 jours post contamination. 2/3 des 40% d& #39;asymptomatiques passent au travers du test PCR.
https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495">https://www.acpjournals.org/doi/10.73...
https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495">https://www.acpjournals.org/doi/10.73...
25/ Ca nous fait une trentaine de cas positifs arrivés en France du Brésil, mais tous n& #39;ont pas le variant qui a l& #39;échappement vaccinal ET l& #39;infectiosité très forte.
Les tests donnent aujourd& #39;hui 38 cas en France, et on en loupe 60%. Ca fait 100 cas P.1.
https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html">https://cov-lineages.org/global_re...
Les tests donnent aujourd& #39;hui 38 cas en France, et on en loupe 60%. Ca fait 100 cas P.1.
https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html">https://cov-lineages.org/global_re...
26/ Premier calcul, pour dégrossir, sans mettre le vaccin.
Scenario: pendant encore 18 jours, on maintient écoles fermées et on pousse le télétravail, de sorte que la souche anglaise décroit à R=0.9 (au lieu de 1.3 en janvier février). Puis on relâche un peu (R=1.1 pour B1.1.7).
Scenario: pendant encore 18 jours, on maintient écoles fermées et on pousse le télétravail, de sorte que la souche anglaise décroit à R=0.9 (au lieu de 1.3 en janvier février). Puis on relâche un peu (R=1.1 pour B1.1.7).
27/ J& #39;ai pris le variant anglais 1,4 fois plus transmissible et le variant de Manaus 2,2 fois plus transmissible.
L& #39;axe horizontal est en jour depuis janvier (on est à 14 avril=102 jours). L& #39;axe vertical est le nombre de contaminés. En rouge, tout sauf P.1. En noir P.1.
L& #39;axe horizontal est en jour depuis janvier (on est à 14 avril=102 jours). L& #39;axe vertical est le nombre de contaminés. En rouge, tout sauf P.1. En noir P.1.
28/ Les courbes se croisent dans 100 jours, c& #39;est à dire fin juillet. Deux conclusions partielles:
• il faut prendre en compte la vaccination, qui va nettement améliorer les choses à cette échéance.
• si P.1 explose c& #39;est à l& #39;automne (septembre-octobre).
• il faut prendre en compte la vaccination, qui va nettement améliorer les choses à cette échéance.
• si P.1 explose c& #39;est à l& #39;automne (septembre-octobre).
29/ Voilà justement les données qui sortent dans Science.
P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible (donc un peu plus de 2x probablement). L& #39;immunité croisée est autour de 2/3. https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644">https://science.sciencemag.org/content/e...
P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible (donc un peu plus de 2x probablement). L& #39;immunité croisée est autour de 2/3. https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644">https://science.sciencemag.org/content/e...
30/ Le remplacement a pris 2 mois.
P.1 est plus infectieux parce qu& #39;il conduit à une charge virale plus élevée (il faut moins de cycles de RT-PCR quantitatif pour avoir du signal).
P.1 est plus infectieux parce qu& #39;il conduit à une charge virale plus élevée (il faut moins de cycles de RT-PCR quantitatif pour avoir du signal).
31/ La souche P.1 croit rapidement en Angleterre, dont le système public de séquençage conduit à des données extrêmement fiables et précieuses — des données épidémiologiques objectivées, loin des "paris" obscurantistes de Paris ou Rio.
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/975742/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_8_England.pdf">https://assets.publishing.service.gov.uk/governmen...
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/975742/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_8_England.pdf">https://assets.publishing.service.gov.uk/governmen...
32/ La souche hégémonique anglaise, B1.1.7, décroit à R=0.9. La souche de Manaus croit à R=1.4, soit 1.5 fois la souche anglaise B1.1.7 ou 2.2 fois la souche sauvage — ouf, c& #39;est la valeur que j& #39;ai prise.
33/ Une synthèse remarquable de @MarcGozlan sur ce qu& #39;on sait du variant de Manaus P.1, et sur ce qu& #39;on ne sait pas. La bibliographie est très complète. Tout est précis et prudent à la fois. Un blog précieux. https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/04/15/covid-19-ce-quil-faut-savoir-sur-le-variant-bresilien-p-1/">https://www.lemonde.fr/blog/real...
34/ Mea culpa.
J& #39;ai fait une erreur en allant trop vite: cet article sur la mise sous surveillance de l& #39;OCDE n& #39;a rien à voir avec P.1. L& #39;OCDE n& #39;a pas compétence pour ça. Je n& #39;efface pas, pour ne pas créer de trou dans le thread, mais vous avez mes excuses. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381286710282219539">https://twitter.com/Pr_Logos/...
J& #39;ai fait une erreur en allant trop vite: cet article sur la mise sous surveillance de l& #39;OCDE n& #39;a rien à voir avec P.1. L& #39;OCDE n& #39;a pas compétence pour ça. Je n& #39;efface pas, pour ne pas créer de trou dans le thread, mais vous avez mes excuses. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381286710282219539">https://twitter.com/Pr_Logos/...
35/ Une troisième de dose de vaccin ARNm sera nécessaire pour nous protéger contre le variant P.1. Et on n& #39;en restera là que si le vaccin arrive dans les pays pauvres. Sinon, le réservoir de mutation humain demeurera gigantesque. https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/16/vaccin-contre-le-covid-19-une-troisieme-dose-de-pfizer-probablement-necessaire-assure-le-pdg_6076973_3244.html">https://www.lemonde.fr/planete/a...
36/ En British Columbia, la souche de Manaus P.1 (R=1.73 sur deux semaines) va franchir le 50%-50% avec la souche B1.1.7 (R=1.26 sur deux semaines) dans quelques jours. Confirmation: P.1 est 1.4 fois plus contagieux que B1.1.7 (2x la souche sauvage).
https://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/tracking-variants-of-the-novel-coronavirus-in-canada-1.5296141">https://www.ctvnews.ca/health/co...
https://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/tracking-variants-of-the-novel-coronavirus-in-canada-1.5296141">https://www.ctvnews.ca/health/co...
37/ Noémie, qui souhaite garder l& #39;anonymat, est positive à sa descente d& #39;avion, arrivée du Brésil. Elle ne peut donc prendre son vol intérieur vers Marseille. Elle rejoindra Martigues… en TGV.
https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/15/covid-19-la-suspension-des-vols-venant-du-bresil-une-mesure-jugee-tardive-et-insuffisante_6076863_3244.html">https://www.lemonde.fr/planete/a...
https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/15/covid-19-la-suspension-des-vols-venant-du-bresil-une-mesure-jugee-tardive-et-insuffisante_6076863_3244.html">https://www.lemonde.fr/planete/a...
38/ A nouveau, la réaction de l& #39;exécutif a été rapide: 10 jours de quarantaine dans un lieu du choix des passagers. L& #39;avenir nous dira si c& #39;est suffisant.
39/ Il y a un progrès réel: l& #39;exécutif a passé commande d& #39;une note sur P.1 au conseil scientifique ET l& #39;a fait paraitre dans des délais courts — 8 jours après le début de ce thread, deux mois après que Manaus a appelé à l& #39;aide internationale.
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_16_avril_2021.pdf">https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/a...
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_16_avril_2021.pdf">https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/a...
40/ On y trouve une synthèse des éléments connus. Peu de faits nouveaux, si ce n& #39;est des données sur la Guyane.
41/ On y trouve encore une alerte sur le devenir hégémonique probable de P.1 pendant l& #39;été.
Plus embêtant, le conseil scientifique a repris le facteur d& #39;accroissement de la transmissibilité 1.4–2.2 du preprint de l& #39;article paru Science… https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1">https://www.medrxiv.org/content/1...
Plus embêtant, le conseil scientifique a repris le facteur d& #39;accroissement de la transmissibilité 1.4–2.2 du preprint de l& #39;article paru Science… https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1">https://www.medrxiv.org/content/1...
42/ Mais entre le preprint et la parution, il y a eu beaucoup de nouvelles données et P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible que la souche sauvage contre 1.4 pour la souche anglaise B1.1.7. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1382442785186447365">https://twitter.com/Pr_Logos/...
43/ Les conclusions (la seule chose lue par les politiques) contient une incohérence et une énormité:
• la transmission est significativement plus élevée que B1.1.7
• La présence de B1.1.7 ne protège pas de la circulation de P.1: les sous-épidémies sont indépendantes
• la transmission est significativement plus élevée que B1.1.7
• La présence de B1.1.7 ne protège pas de la circulation de P.1: les sous-épidémies sont indépendantes
44/ "Nous devrions nous inquiéter de la croissance et de la propagation rapides des mutants du SRAS-CoV-2: plus de 75 mutations héréditaires en seulement un an d& #39;épidémie, c& #39;est court à l& #39;échelle de l& #39;évolution." https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(21)00096-2">https://www.cell.com/cell-host...
45/ "L& #39;analyse des mutations naturelles ou générées expérimentalement en laboratoire, nous amène à conclure à la génération probable de souches de SRAS-CoV-2 ayant une infectivité et une pathogénicité encore plus grandes dans l& #39;année à venir."
Pas mieux.
Pas mieux.
46/ Les jeunes doivent être intubé dans l& #39;heure qui suit leur hospitalisation, tellement l& #39;aggravation est rapide à partir de l& #39;apparition de symptômes, prévient-on à Sao Paulo. https://www.bbc.com/portuguese/brasil-56763719">https://www.bbc.com/portugues...
47/ Les souches mutantes "sud-africaine" ou "brésilienne" sont passées de 4,4 à 8,4% en dix jours en Île-de-France (Graphique de @nicolasberrod pour Le Parisien), ce qui laisse supposer que c& #39;est bien P.1 avec son R typique 0.4 au dessus de celui de B1.1.7 (anglais).
