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1/ Peut-on savoir quand la souche virale P.1 de Manaus va devenir hégémonique en France, déjouant la première campagne de vaccination, et touchant frontalement les adultes de 20 à 40 ans?
Pas exactement. Et du reste, cela dépend de la politique de sécurisation sanitaire suivie.
Pas exactement. Et du reste, cela dépend de la politique de sécurisation sanitaire suivie.
2/ C'est délibérément que reprend la même forme de tweet que celui amorçant le thread du 7 janvier, sur la croissance exponentielle de la souche B1.1.7, à venir alors, et dont chacun peut constater aujourd'hui les conséquences. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1347215026596302850
3/ Avant d'accumuler les documents, et de tenter une prédiction quand ce sera possible, je recolle ici le thread sur Manaus du 16 janvier. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1350413494630428673
4/ Du fait du décalage temporel entre contaminations et décès, on commence seulement à avoir les premières données, mais la tendance est nette: les adultes de 20 à 50 ans contractent des formes graves de maladie.
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.24.21254046v1.full
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.24.21254046v1.full
5/ La souche B1.1.7 dite "anglaise" est 1,4 fois (+40%) plus transmissible que la souche sauvage. La souche P.1 dite "amazonienne" ou "de Manaus" est 2,6 fois (+160%) plus transmissible que la souche sauvage.
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v3
Preprint:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v3
6/ Il est plus que temps de sonner l'alerte et de contraindre l'exécutif à abandonner sa pseudo-stratégie mortifère. https://thetyee.ca/Analysis/2021/04/05/P1-Variant-Poses-Threat-BC/
7/ Le variant P.1 est arrivé en Colombie britannique. https://www.wsj.com/articles/covid-19-variant-from-brazil-has-taken-hold-in-canada-11617729538
8/ Courrier international traduit la vidéo du Wall Street Journal sur les réanimations de Porto Alegre, submergées, avec des cas de plus en plus jeunes. https://www.courrierinternational.com/video/video-les-ravages-du-variant-p1-au-bresil-des-jeunes-en-meurent
9/ Il y a un mois maintenant que l'OCDE a placé le Brésil sous surveillance. https://www.bbc.com/portuguese/brasil-56406033
10/ Pourtant, tout se passe comme si l'exécutif n'apprenait rien et répétait une fois de plus les mêmes erreurs. https://www.liberation.fr/checknews/les-vols-en-provenance-du-bresil-ou-le-variant-p1-circule-largement-font-ils-lobjet-de-restrictions-particulieres-20210409_344SWR2YZNEX5A4CCUYQ3T4ONU/
11/ Bien sûr, dans une syndémie, l'obscurantisme d'un dirigeant politique compte — la seule chose que Bolsonaro est capable de faire, c'est de demander à sa population "d'arrêter de pleurnicher". On en sait quelque-chose en France… https://www.bbc.com/news/world-latin-america-56288548
12/ Et, si nous sommes nombreux à pleurer les morts et les vies détruites au Brésil, ce ne doit pas être avec condescendance: nous ne sommes pas protégés, loin s'en faut.
13/ Une donnée centrale du calcul de croissance du variant P.1, c'est sa neutralisation par les vaccins. Les estimations préliminaires sont de 75%.
https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(21)00298-1.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421002981%3Fshowall%3Dtrue
https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(21)00298-1.pdf?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421002981%3Fshowall%3Dtrue
14/ Par complétude, une étude pour le vaccin chinois CoronaVac. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.07.21255081v1
15/ Aux Pays-Bas, la fraction de contamination par la souche P.1 dite "de Manaus" est autour de 7% et croit de 60% chaque semaine. Ci-dessous l'extrapolation de @HJWesteneng, à politique publique constante, donne un passage par 50%-50% fin mmai (via @fignon_laurent).
16/ En Colombie Britannique, les conditions de croissance épidémique des souches virales sont plus proches des notres que Manaus.
R=1.3 pour B.1.1.7 (variant anglais)
R=1.9 pour P.1 (variant de Manaus)
Donc, pas 2 fois plus transmissible que la souche sauvage, pas 2,6.
R=1.3 pour B.1.1.7 (variant anglais)
R=1.9 pour P.1 (variant de Manaus)
Donc, pas 2 fois plus transmissible que la souche sauvage, pas 2,6.
17/ Un des problèmes pour sortir une estimation provient de la dénomination non scientifique "variant brésilien" quand il y en a des dizaines, avec plus de dix points de mutation activés ou non, par rapport à la souche sauvage.
Pourquoi? https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html
Pourquoi? https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html
18/ Parce que dire "le variant brésilien" = 20J/501Y.V3, sous-entendu, celui qui reste stable à 4% en France depuis plusieurs mois, c'est ignorer que les variants de Manaus rassemblés au sein de P.1 sont plus transmissibles que B1.1.7 et ont un échappement vaccinal élevé.
19/ Cette fois, c'est allé vite pour que l'exécutif réagisse à l'alerte. Espérons qu'ils aient mis en place une quatorzaine avec 3 ou 4 tests en hôtel avec purification d'air à filtre Hépa, pour les voyageurs entrés en Europe par d'autres pays européens. https://twitter.com/JeanCASTEX/status/1381977947066789891
20/ Témoignage d'un médecin qui a dû intuber et mettre sous hémodialyse un patient de 33 ans, en parfaite santé auparavant. Il est aujourd'hui en état critique. https://twitter.com/Oparbento1/status/1381975467947921411
21/ En Moselle, V2+V3 était à 45% le 16 mars. Je ne trouve pas plus précis.
En Guyane, le variant "anglais" B.1.1.7 monte autour de R=1.4 et le variant "de Manaus" P.1 monte autour de R=2.2. Les nombres sont petits, donc les barres d'erreur sont grandes, mais ça colle assez bien.
En Guyane, le variant "anglais" B.1.1.7 monte autour de R=1.4 et le variant "de Manaus" P.1 monte autour de R=2.2. Les nombres sont petits, donc les barres d'erreur sont grandes, mais ça colle assez bien.
22/ En résumé, on peut donc estimer à ce jour
• que le P.1 hégémonique à Manaus est entre 1.9 et 2.5 fois plus infectieux que la souche sauvage, contre 1.4 pour B1.1.7
• qu'il a 25% d'échappement vaccinal. https://www.livemint.com/news/world/brazilian-variant-of-covid-19-might-be-2-2-times-more-transmissible-study-11614756482152.html
• que le P.1 hégémonique à Manaus est entre 1.9 et 2.5 fois plus infectieux que la souche sauvage, contre 1.4 pour B1.1.7
• qu'il a 25% d'échappement vaccinal. https://www.livemint.com/news/world/brazilian-variant-of-covid-19-might-be-2-2-times-more-transmissible-study-11614756482152.html
23/ Bon. C'est parti.
C'est beaucoup beaucoup plus incertain que de prédire la croissance de B1.1.7 en janvier et février, parce qu'on avait les données anglaises, remarquables, pas d'effet vaccinal, et une météo hivernale.
Le résultat dépend des hypothèses faites…
C'est beaucoup beaucoup plus incertain que de prédire la croissance de B1.1.7 en janvier et février, parce qu'on avait les données anglaises, remarquables, pas d'effet vaccinal, et une météo hivernale.
Le résultat dépend des hypothèses faites…
24/ Depuis janvier, 1000 passagers par semaine sont arrivés du Brésil, qui a en gros 1% de contaminés. 1 sur 4 échappe au PCR en étant dans les 2 jours post contamination. 2/3 des 40% d'asymptomatiques passent au travers du test PCR.
https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495
https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495
25/ Ca nous fait une trentaine de cas positifs arrivés en France du Brésil, mais tous n'ont pas le variant qui a l'échappement vaccinal ET l'infectiosité très forte.
Les tests donnent aujourd'hui 38 cas en France, et on en loupe 60%. Ca fait 100 cas P.1.
https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html
Les tests donnent aujourd'hui 38 cas en France, et on en loupe 60%. Ca fait 100 cas P.1.
https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html
26/ Premier calcul, pour dégrossir, sans mettre le vaccin.
Scenario: pendant encore 18 jours, on maintient écoles fermées et on pousse le télétravail, de sorte que la souche anglaise décroit à R=0.9 (au lieu de 1.3 en janvier février). Puis on relâche un peu (R=1.1 pour B1.1.7).
Scenario: pendant encore 18 jours, on maintient écoles fermées et on pousse le télétravail, de sorte que la souche anglaise décroit à R=0.9 (au lieu de 1.3 en janvier février). Puis on relâche un peu (R=1.1 pour B1.1.7).
27/ J'ai pris le variant anglais 1,4 fois plus transmissible et le variant de Manaus 2,2 fois plus transmissible.
L'axe horizontal est en jour depuis janvier (on est à 14 avril=102 jours). L'axe vertical est le nombre de contaminés. En rouge, tout sauf P.1. En noir P.1.
L'axe horizontal est en jour depuis janvier (on est à 14 avril=102 jours). L'axe vertical est le nombre de contaminés. En rouge, tout sauf P.1. En noir P.1.
28/ Les courbes se croisent dans 100 jours, c'est à dire fin juillet. Deux conclusions partielles:
• il faut prendre en compte la vaccination, qui va nettement améliorer les choses à cette échéance.
• si P.1 explose c'est à l'automne (septembre-octobre).
• il faut prendre en compte la vaccination, qui va nettement améliorer les choses à cette échéance.
• si P.1 explose c'est à l'automne (septembre-octobre).
29/ Voilà justement les données qui sortent dans Science.
P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible (donc un peu plus de 2x probablement). L'immunité croisée est autour de 2/3. https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644
P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible (donc un peu plus de 2x probablement). L'immunité croisée est autour de 2/3. https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644
30/ Le remplacement a pris 2 mois.
P.1 est plus infectieux parce qu'il conduit à une charge virale plus élevée (il faut moins de cycles de RT-PCR quantitatif pour avoir du signal).
P.1 est plus infectieux parce qu'il conduit à une charge virale plus élevée (il faut moins de cycles de RT-PCR quantitatif pour avoir du signal).
31/ La souche P.1 croit rapidement en Angleterre, dont le système public de séquençage conduit à des données extrêmement fiables et précieuses — des données épidémiologiques objectivées, loin des "paris" obscurantistes de Paris ou Rio.
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/975742/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_8_England.pdf
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/975742/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_8_England.pdf
32/ La souche hégémonique anglaise, B1.1.7, décroit à R=0.9. La souche de Manaus croit à R=1.4, soit 1.5 fois la souche anglaise B1.1.7 ou 2.2 fois la souche sauvage — ouf, c'est la valeur que j'ai prise.
33/ Une synthèse remarquable de @MarcGozlan sur ce qu'on sait du variant de Manaus P.1, et sur ce qu'on ne sait pas. La bibliographie est très complète. Tout est précis et prudent à la fois. Un blog précieux. https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/04/15/covid-19-ce-quil-faut-savoir-sur-le-variant-bresilien-p-1/
34/ Mea culpa.
J'ai fait une erreur en allant trop vite: cet article sur la mise sous surveillance de l'OCDE n'a rien à voir avec P.1. L'OCDE n'a pas compétence pour ça. Je n'efface pas, pour ne pas créer de trou dans le thread, mais vous avez mes excuses. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381286710282219539
J'ai fait une erreur en allant trop vite: cet article sur la mise sous surveillance de l'OCDE n'a rien à voir avec P.1. L'OCDE n'a pas compétence pour ça. Je n'efface pas, pour ne pas créer de trou dans le thread, mais vous avez mes excuses. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381286710282219539
35/ Une troisième de dose de vaccin ARNm sera nécessaire pour nous protéger contre le variant P.1. Et on n'en restera là que si le vaccin arrive dans les pays pauvres. Sinon, le réservoir de mutation humain demeurera gigantesque. https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/16/vaccin-contre-le-covid-19-une-troisieme-dose-de-pfizer-probablement-necessaire-assure-le-pdg_6076973_3244.html
36/ En British Columbia, la souche de Manaus P.1 (R=1.73 sur deux semaines) va franchir le 50%-50% avec la souche B1.1.7 (R=1.26 sur deux semaines) dans quelques jours. Confirmation: P.1 est 1.4 fois plus contagieux que B1.1.7 (2x la souche sauvage).
https://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/tracking-variants-of-the-novel-coronavirus-in-canada-1.5296141
https://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/tracking-variants-of-the-novel-coronavirus-in-canada-1.5296141
37/ Noémie, qui souhaite garder l'anonymat, est positive à sa descente d'avion, arrivée du Brésil. Elle ne peut donc prendre son vol intérieur vers Marseille. Elle rejoindra Martigues… en TGV.
https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/15/covid-19-la-suspension-des-vols-venant-du-bresil-une-mesure-jugee-tardive-et-insuffisante_6076863_3244.html
https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/15/covid-19-la-suspension-des-vols-venant-du-bresil-une-mesure-jugee-tardive-et-insuffisante_6076863_3244.html
38/ A nouveau, la réaction de l'exécutif a été rapide: 10 jours de quarantaine dans un lieu du choix des passagers. L'avenir nous dira si c'est suffisant.
39/ Il y a un progrès réel: l'exécutif a passé commande d'une note sur P.1 au conseil scientifique ET l'a fait paraitre dans des délais courts — 8 jours après le début de ce thread, deux mois après que Manaus a appelé à l'aide internationale.
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_16_avril_2021.pdf
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_conseil_scientifique_16_avril_2021.pdf
40/ On y trouve une synthèse des éléments connus. Peu de faits nouveaux, si ce n'est des données sur la Guyane.
41/ On y trouve encore une alerte sur le devenir hégémonique probable de P.1 pendant l'été.
Plus embêtant, le conseil scientifique a repris le facteur d'accroissement de la transmissibilité 1.4–2.2 du preprint de l'article paru Science… https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1
Plus embêtant, le conseil scientifique a repris le facteur d'accroissement de la transmissibilité 1.4–2.2 du preprint de l'article paru Science… https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1
42/ Mais entre le preprint et la parution, il y a eu beaucoup de nouvelles données et P.1 est 1.7 à 2.4 fois plus transmissible que la souche sauvage contre 1.4 pour la souche anglaise B1.1.7. https://twitter.com/Pr_Logos/status/1382442785186447365
43/ Les conclusions (la seule chose lue par les politiques) contient une incohérence et une énormité:
• la transmission est significativement plus élevée que B1.1.7
• La présence de B1.1.7 ne protège pas de la circulation de P.1: les sous-épidémies sont indépendantes
• la transmission est significativement plus élevée que B1.1.7
• La présence de B1.1.7 ne protège pas de la circulation de P.1: les sous-épidémies sont indépendantes
44/ "Nous devrions nous inquiéter de la croissance et de la propagation rapides des mutants du SRAS-CoV-2: plus de 75 mutations héréditaires en seulement un an d'épidémie, c'est court à l'échelle de l'évolution." https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(21)00096-2
45/ "L'analyse des mutations naturelles ou générées expérimentalement en laboratoire, nous amène à conclure à la génération probable de souches de SRAS-CoV-2 ayant une infectivité et une pathogénicité encore plus grandes dans l'année à venir."
Pas mieux.
Pas mieux.
46/ Les jeunes doivent être intubé dans l'heure qui suit leur hospitalisation, tellement l'aggravation est rapide à partir de l'apparition de symptômes, prévient-on à Sao Paulo. https://www.bbc.com/portuguese/brasil-56763719
47/ Les souches mutantes "sud-africaine" ou "brésilienne" sont passées de 4,4 à 8,4% en dix jours en Île-de-France (Graphique de @nicolasberrod pour Le Parisien), ce qui laisse supposer que c'est bien P.1 avec son R typique 0.4 au dessus de celui de B1.1.7 (anglais).
C'était l'info qui manquait pour faire une projection fiabilisée, avec les vaccins et l'immunité croisée. Je le ferai lundi, après avoir fini un boulot urgent, si Pasteur ou Montpellier ne l'ont pas fait d'ici là.
L'exécutif a ignoré les alertes sur la souche B1.1.7 condamnant des dizaines de milliers de personnes, détruisant des centaines de milliers de vies. Maintenant que tous les faits sont rassemblés, il n'y a plus à avoir de doutes: il faut alerter. Vite et fort.
Mais lundi pour moi.
Mais lundi pour moi.
