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Quelques mots sur le contenu de cet article 
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Déjà, il faut réaliser le contexte dans lequel cet article se place : celui d& #39;une sous représentation des données d& #39;ADN ancien pour la France.
Voici la carte #3/54.49/23.00">https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837 #3/54.49/23.00">https://umap.openstreetmap.fr/en/map/an... qui représente l& #39;ensemble des échantillons anciens pour lesquels des données génomiques existent
Voici la carte #3/54.49/23.00">https://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837 #3/54.49/23.00">https://umap.openstreetmap.fr/en/map/an... qui représente l& #39;ensemble des échantillons anciens pour lesquels des données génomiques existent
Je vous montre un petit zoom sur la France.
Certes il y a des raisons parfois géologiques (le sous-sol de la Bretagne est pas terrible pour la conservation des os, disons le), mais bon, avouons le, ce n& #39;est pas le cas partout.
Certes il y a des raisons parfois géologiques (le sous-sol de la Bretagne est pas terrible pour la conservation des os, disons le), mais bon, avouons le, ce n& #39;est pas le cas partout.
Les résultats de l& #39;ANR Ancestra, et qui sont dans cet article, étaient donc *très* attendus.
Le principe de cette étude est donc un transect génétique, du Mésolithique à l& #39;Âge du Fer, dans 3 régions françaises : le nord, l& #39;Alsace/Lorraine, et le sud-est.
Projet très ambitieux !
Le principe de cette étude est donc un transect génétique, du Mésolithique à l& #39;Âge du Fer, dans 3 régions françaises : le nord, l& #39;Alsace/Lorraine, et le sud-est.
Projet très ambitieux !
Pour une raison de coût (disons le, l& #39;ADN ancien coûte cher), le choix a été fait d& #39;étudier principalement des génomes mitochondriaux complets, ainsi qu& #39;un set de position qui ont un impact sur le phénotype.
Les données génomiques à faible couverture, c& #39;était en plus !
Les données génomiques à faible couverture, c& #39;était en plus !
Bien sûr, cette étude se place dans un contexte européen : nos frontières françaises ne signifiaient pas grand chose au Néolithique, et les travaux chez nos voisins nous apprennent déjà pas mal de choses.
Grosso modo, 10 ans d& #39;études paléogénétiques sur l& #39;Europe nous ont montré :
Grosso modo, 10 ans d& #39;études paléogénétiques sur l& #39;Europe nous ont montré :
1) que les gens d& #39;origine européenne se rattachent à trois populations du passé qui se sont métissées progressivement. Mais bien sûr, c& #39;est une simplification : chacune de ces populations a une histoire particulière, elle même composée de métissages entre pops plus anciennes.
2) D& #39;abord, on a les chasseurs-cueilleurs de la fin du Paléolithique et du Mésolithique. Ils ne forment pas une entité homogène, et on voit des différences génétiques entre ceux d& #39;Espagne, d& #39;Europe Centrale ou des Balkans.
3) Puis arrive une autre population : des agriculteurs-éleveurs, venus d& #39;Anatolie, et qui apportent avec eux toute une série de pratiques, le Néolithique.
Au cours du temps, ils se métissent avec les chasseurs-cueilleurs locaux, selon des processus différents selon les régions.
Au cours du temps, ils se métissent avec les chasseurs-cueilleurs locaux, selon des processus différents selon les régions.
Ces agriculteurs arrivent par deux voies : une voie continentale, Danubienne, témoignant de la Culture de la céramique Rubanée ; une voie maritime, méditerranéenne, appartenant à la Culture de la Céramique Cardiale.
Où ces deux groupes se retrouvent ? En France
Où ces deux groupes se retrouvent ? En France
4)A la fin du Néolithique, par le NE de l& #39;Europe, arrive une population provenant des steppes pontiques (au nord de la Mer Noire) et apparenté aux représentants de la culture Yamnaya.
Leur arrivée coïncide avec un changement culturel d& #39;ampleur dans la moitié nord de l& #39;Europe :
Leur arrivée coïncide avec un changement culturel d& #39;ampleur dans la moitié nord de l& #39;Europe :
la culture Campaniforme.
Mais dans la péninsule ibérique, les représentants du Campaniforme n& #39;ont pas de trace génétique des populations des steppes ! Elle n& #39;arrive qu& #39;à la fin de l& #39;Âge du Bronze.
Donc, c& #39;est compliqué.
Mais dans la péninsule ibérique, les représentants du Campaniforme n& #39;ont pas de trace génétique des populations des steppes ! Elle n& #39;arrive qu& #39;à la fin de l& #39;Âge du Bronze.
Donc, c& #39;est compliqué.
On a une grande histoire commune à toute l& #39;Europe, mais des modalités très différentes entre la moitié nord et la moitié sud de l& #39;Europe.
Et où se situe la France ?
A l& #39;interface entre les deux !
Et où se situe la France ?
A l& #39;interface entre les deux !
Alors, que nous apporte l& #39;étude de Samantha Brunel et Mélanie Pruvost ?
Déjà un bel échantillonnage !
53 sites archéologiques différents (joli travail, @Inrap !)
243 échantillons (oui, 243 os à extraire, en salle blanche, avec un masque, une double paire de gants...)
Déjà un bel échantillonnage !
53 sites archéologiques différents (joli travail, @Inrap !)
243 échantillons (oui, 243 os à extraire, en salle blanche, avec un masque, une double paire de gants...)
223 génomes mitochondriaux
62 haplogroupes du chromosomes Y
58 génomes à faible couverture : chaque position est lue en moyenne de 0,05 fois à 0,5 fois.
Bien sûr, les spécialistes de l& #39;ADN moderne diront que c& #39;est pas top, mais en ADN ancien, on sait que c& #39;est déjà très utile !
62 haplogroupes du chromosomes Y
58 génomes à faible couverture : chaque position est lue en moyenne de 0,05 fois à 0,5 fois.
Bien sûr, les spécialistes de l& #39;ADN moderne diront que c& #39;est pas top, mais en ADN ancien, on sait que c& #39;est déjà très utile !
Et justement, on apprend plein de choses :
1) Déjà, au Mésolithique, elles ajoutent 5 individus, provenant d& #39;une grotte de Charente (la grotte des Perrats), qu& #39;elles comparent à des génomes déjà connus.
Et on voit de la diversité !
1) Déjà, au Mésolithique, elles ajoutent 5 individus, provenant d& #39;une grotte de Charente (la grotte des Perrats), qu& #39;elles comparent à des génomes déjà connus.
Et on voit de la diversité !
La plupart des chasseurs-cueilleurs mésolithiques se rattachent à un grand groupe, dit Villabruna.
Or, à la grotte des Perrats, les chasseurs-cueilleurs se rapprochent des derniers Magdaléniens ... On pourrait les modéliser comme 1/3 Villabruna, 2/3 Magdaléniens (Goyet)
Or, à la grotte des Perrats, les chasseurs-cueilleurs se rapprochent des derniers Magdaléniens ... On pourrait les modéliser comme 1/3 Villabruna, 2/3 Magdaléniens (Goyet)
Un peu comme des chasseurs-cueilleurs d& #39;une autre région : la péninsule ibérique, et a contrario des chasseurs-cueilleurs mésolithiques du reste de l& #39;Europe.
Au Néolithique, on voit bien apparaître les populations anatoliennes néolithiques. Nos plus anciens néolithiques sont assez semblables aux plus anciens néolithiques d& #39;Europe Centrale ... sauf pour un, venu du site de Morschwiller-le-Bas, qui présente déjà les traces d& #39;un
métissage avec des chasseurs-cueilleurs locaux.
Une surprise ? Pas vraiment, même si à cette époque cela restait assez rare, les deux groupes coexistaient.
D& #39;ailleurs, on voit le métissage avec les chasseurs-cueilleurs augmenter au cours du temps.
Une surprise ? Pas vraiment, même si à cette époque cela restait assez rare, les deux groupes coexistaient.
D& #39;ailleurs, on voit le métissage avec les chasseurs-cueilleurs augmenter au cours du temps.
Tantôt avec des chasseurs-cueilleurs de type Villabruna, tantôt avec ceux de type Goyet ("Magdaléniens") - dans le sud de la France. Ainsi, malgré le bouleversement induit par l& #39;arrivée des agriculteurs, une diversité de chasseurs-cueilleurs demeure.
Une question se pose alors : arrive-t-on à distinguer sur le plan génétique le Cardial du Rubanée ?
Et bien il semble que c& #39;est plus compliqué que cela... Leurs résultats suggèrent que ce qu& #39;on croyait voir comme différence entre les deux courants est lié aux populations de
Et bien il semble que c& #39;est plus compliqué que cela... Leurs résultats suggèrent que ce qu& #39;on croyait voir comme différence entre les deux courants est lié aux populations de
chasseurs-cueilleurs avec lesquelles ils se sont métissés : plutôt & #39;Villabruna& #39; pour le Rubanée, plutôt & #39;Goyet/Magdaléniens& #39; pour le Cardial.
Après tout, les deux groupes néolithiques se sont séparés récemment (au plan génétique), sans goulot d& #39;étranglement: pas bcp de dérive...
Après tout, les deux groupes néolithiques se sont séparés récemment (au plan génétique), sans goulot d& #39;étranglement: pas bcp de dérive...
C& #39;est un point très frustrant de l& #39;ADN ancien : le grain de nos analyses reste parfois assez frustre, et bcp plus que ce que l& #39;archéologie peut voir...
Il nous faudra (bcp) plus de génomes, une (bien) meilleure couverture pour essayer de voir ce signal.
Bref, je disgresse...
Il nous faudra (bcp) plus de génomes, une (bien) meilleure couverture pour essayer de voir ce signal.
Bref, je disgresse...
